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　　解螺旋公众号陪伴你科研的第2142天 　　

　　

　　谁说只有肿瘤才能做生信 　　

　　

　　不通过实验发表SCI论文是很多学者和临床医生的梦想。前期笔者已经列举了一些不用实验发表论文的套路：—— 《同样是疲于奔命的医生，为何他不做实验半年就能发表16篇SCI》。 　　

　　

　　但这些例子大多是针对肿瘤研究的，其他领域的信息分析文章很少。 　　

　　

　　今天给大家分享一篇非肿瘤研究的分析文章。学者可以学习一下套路，早日发表自己的SCI。 　　

　　

　　这篇文章发表在2020年2月12日的《细胞与分子医学杂志》上，影响因子为4.658。 　　

　　

　　论文题目为《Stat1及其相关分子作为分枝杆菌感染的潜在生物标志物》，通讯作者为山东潍坊医学院易教授和付玉荣教授。 　　

　　

　　在这篇文章中，作者发现STAT1及其相关分子是结核分枝杆菌感染的潜在生物标志物。 　　

　　

　　 　　

　　

　　研究背景： 　　

　　

　　结核病是由结核分枝杆菌引起的慢性传染病，可侵犯和感染机体多种器官，其中以肺结核感染最为常见。 　　

　　

　　感染结核杆菌的携带者并不一定马上发病，只有当身体抵抗力下降时，才可能引发结核病。 　　

　　

　　这说明机体中存在抵抗结核分枝杆菌致病的免疫途径，然而其中的具体分子机制还不清楚。 　　

　　

　　尽快确定参与结核分枝杆菌免疫防御的关键信号分子，对于结核病相关疾病的治疗非常重要。 　　

　　

　　研究结果： 　　

　　

　　为了找到体内抵抗结核杆菌感染的关键信号分子，作者从GEO数据库中下载了数据集GSE83456。 　　

　　

　　数据集包含106个血液样本的测序结果，包括61个健康对照样本和45个结核样本。 　　

　　

　　通过分析这些样本的数据，作者发现了192个基因的表达量显著变化，其中包含156个上调基因和36个下调基因。. 　　

　　

　　 　　

　　

　　接下来作者使用DAVID和Fun Rich软件对这些基因进行富集分析,研究结果表明，显著改变的基因与干扰素(INF)信号转导密切相关，这表明INF信号转导途径可能参与了结核分枝杆菌的免疫防御。 　　

　　

　　 　　

　　

　　为了进一步证实这一结果，作者对192个显著变化的基因进行IPA核心分析。 　　

　　

　　结果表明，8条经典信号通路被高度激活，其中INF信号通路最为活跃。 　　

　　

　　 　　

　　

　　INF信号通路中哪些分子对结核分枝杆菌的免疫防御至关重要？ 　　

　　

　　为了探索这个问题，作者使用STRING分析了这192个变化基因的相互作用关系，随后进行网络分析。 　　

　　

　　结果表明，包括GBP2、ISG15和STAT1在内的23个基因可能是关键分子。 　　

　　

　　 　　

　　

　　接下来，作者用TargetScan, miRanda, miRDB, miRWalk和 RNA22等多个数据库预测候选靶基因的miRNA。. 　　

　　

　　通过对基因-miRNA相互作用网络的分析，作者发现9个miRNA相互关联。 　　

　　

　　 　　

　　

　　为了进一步证实这一结果，作者使用qRT‐PCR检测了这些miRNA的表达情况。 　　

　　

　　结果显示，肺结核患者血液中miR‐223‐3p和miR‐448显著降低。 　　

　　

　　这个两个miRNA的靶基因均为STAT1暗示STAT1是维持结核分枝杆菌免疫防御的关键分子。 　　

　　

　　 　　

　　

　　总结这篇文章， 　　

　　

　　首先，作者下载了公共数据库GEO,健康人和结核病患者血液样本的测序结果，然后分析差异表达基因。 　　

　　

　　通过对这些差异基因的富集分析、相互作用分析和miRNA网络分析分析，发现STAT1可以作为结核分枝杆菌免疫防御的关键分子。 　　

　　

　　最后，通过qRT‐PCR验证少量样本以确定STAT1的差异表达。 　　

　　

　　论文的大致套路类似于癌症领域的生物信息学论文，使用的数据库和软件都比较常规。 　　

　　

　　同行学者可以模仿一下，开开心心地发表SCI论文。 　　

　　

　　—结束— 　　

　　

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